Dans l'univers d'un Tokyo Post-Atomique, Kaneda et sa bande vivent la nuit. Tetsuo, un ami de Kaneda, est victime d'un étrange accident lors d'une guerre des gangs. Evacué par des militaires, il sert alors de cobaye et reçoit le pouvoir psychique qui dépasse la conscience : il est victime du projet Akira..