Après une attaque, le chaos règne sur Gotham City, isolée du reste du monde. Jim Gordon essaye d'obtenir de l'aide du continent mais en vain. Il doit protéger les habitants de Gotham, devenue une vraie ville cimetière où les vilains font la loi. Mais peut-être devra-t-il faire appel à l'aide de ces derniers pour mener à bien son projet de sauver la ville ? 12 épisodes : 5.01 - L'année zéro (Year Zero) 5.02 - Dans la zone noire (Trespassers) 5.03 - Notre pingouin, ce héros (Penguin, Our Hero) 5.04 - Quand tout s'effondre (Ruin) 5.05 - Dans la tête de Nygma (Pena Dura) 5.06 - Sauts de puce (13 Stitches) 5.07 - Menace chimique (Ace Chemicals) 5.08 - Ennemis pour la vie (Nothing's Shocking) 5.09 - L'heure des vérités (The Trial of James Gordon) 5.10 - Mon nom est Bane (I Am Bane) 5.11 - A la gloire de Gotham (They Did What?) 5.12 - Là où tout commence (The Beginning...)