Les abeilles disparaissent massivement depuis août 2007. Ce désastre touche particulièrement l'Europe, les Etats-Unis et la Chine. Les pertes atteignent parfois 80% des colonies. L'industrie agro-alimentaire réalise soudain que les abeilles, en pollinisant les fleurs, sont les garantes d'une bonne récolte : l'agriculture dépend de ces formidables pollinisatrices et représente 153 milliards d'euros dans le monde. Tout à coup, le monde a pris peur. Partant de la scène d'une disparition massive d'abeilles dans un rucher, le film déroule l'enquête, comme pour une énigme criminelle, à la recherche des différentes hupothèses sur la mortalité des abeilles.